اصل الدير : في سنة 969 م نزل بمصر جوهر الصقلي قائد جيوش الخليفة المعز لدين الله الفاطمي وشرع بعد نزوله فورا في تاسيس مدينة القاهرة وبناء القصر الكبير بجهه الجمالية ليكون مقرا لاقامة المعز ، فصادفه عند تخطيط هذا القصر دير للقبط في تلك الجهة يسمي ” دير العظام ” مدفونا به اجساد بعض القديسين فاراد جوهر ادخال هذا الدير ضمن تخطيط القصر ، فاخذه فعلا و نقل الاجساد المدفونة فيه الي دير الخندق و بذلك عوض الاقباط عن دير العظام ( او دير العظمة ) بدير الخندق الذي انشي ، في الجيل العاشر الميلادي ( كما جاء في كتاب النجوم الزاهرة في اخبار مصر و القاهرة لابن تفري بردي – الجزء الرابع صفحة 43 ) .
وقد مر هذا الدير بمراحل مختلفة اذ و صفه ابو المكارم سعد الله بن جرجس مسعود المتوفى سنة 1209 م في كتابه عن الكنائس والاديرة ، وذكر آنه كان يشتمل على عشرة كنائس اكبرها كنيسة القديس جورجيوس . وقد بقي الدير بكنائسه العشر حوالي مائة عام حتي هدم في 18 فبراير سنة 1280 م كما ذكر المقريزي المتوفى سنة 1441 م فقد روي المقريزي المؤرخ ان الدير جدد في ايام المنصور قلاوون وشيد به كنيستان احدهما كنيسة باسم القديس مرقوريوس ( ابو سيفين) وهي الكنيسة التي دفن فيها القديس انبا رويس سنة 1404 م وعرفت هذه الكنيسة الاخري فكانت باسم الملاك غبريال وذكر عنها على باشا مبارك صاحب الخطط التوفيقية ( جزء 6 ص 81 ) أنها اندثرت قبل عام 1888 م ثم شيد بالدير شرقي كنيسة الأنبا رويس كنيسة اخري باسم السيدة العذراء مريم التي ظلت عامرة وتجددت عدة مرات كان اخرها سنه 1922 م . وظل يصلي فيها شعب المنطقة حتى عام الماضي ( 1968 م) حيث هدمت لتحل محلها كاتدرائية مارمرقس الجديدة .
وقد تجدد بناء كنيسة الأنبا رويس سنة 1949 م . في عهد الانبا يوساب التاني البطريرك 115 وكان المهتم بتجديدها جمعية نهضة الكنائس المركزية بمصر التي كانت قد وضعت كتابا عن حياة الأنبا فريح و معجزات .